A nivel institucional, el gobierno y la administración de la Universidad estarán dentro de sus respectivos ámbitos competenciales a cargo de las siguientes:
I. Autoridades colegiadas:
a). Junta de Gobierno.
b). Consejo Universitario.
c). Consejos de Representantes de cada Centro.
d). Comisión de Honor y Justicia.

El Consejo Universitario será presidido por el Rector y estará integrado en la forma prevista por la Ley Orgánica. Como representación plena del organismo autónomo que es la Universidad, tendrá las siguientes atribuciones:
I. Expedir el Estatuto de la Ley Orgánica, los reglamentos, el ideario y las normas o disposiciones relativas a la estructura de la Universidad, a la organización de su régimen interior y a su funcionamiento académico y administrativo, sin más limitaciones que las establecidas en la misma Ley, y vigilar que las labores de la institución se desarrollen con estricto apego a dicha legislación, de la cual el propio Consejo será el intérprete oficial;
II. Designar a los miembros de la Junta de Gobierno;
III. Organizar y supervisar las votaciones de profesores y alumnos para integrar las propuestas de Rector y decanos, en términos de la Ley Orgánica y del presente Estatuto;
IV. Establecer cuáles decisiones de los órganos de gobierno de la Universidad y sus unidades académicas deben apoyarse en dictámenes de comités técnicos, fijar las normas de operación de los que decida crear y designar o remover a los integrantes de los comités de nivel institucional;
V. Normar la integración, competencia y forma de operación de la Comisión de Honor y Justicia, así como de la Defensoría de los Derechos Universitarios y designar a los profesores que integrarán dichos organismos;
VI. Analizar, aprobar, modificar o suprimir, en su caso, los planes de desarrollo y demás trabajos de planeación y evaluación de nivel institucional, incluyendo proyectos para crear nuevas instalaciones universitarias o para crear o suprimir nuevas unidades académicas o administrativas de primer nivel, previo dictamen de la Comisión Ejecutiva Universitaria;
VII. Crear, modificar o suprimir carreras o estudios y sus planes correspondientes;
VIII. Determinar a propuesta de los consejos de representantes y escuchando la opinión de la Dirección General de Planeación y Desarrollo el número máximo y mínimo de alumnos de primer ingreso que podrá admitirse en los estudios que se impartan;
IX. Aprobar o anular las decisiones de incorporación de estudios ofrecidos por otras instituciones, así como las relativas a la creación o supresión de programas de investigación y difusión;
X. Analizar, modificar y, en su caso, aprobar los proyectos de presupuesto anual de ingresos y egresos de la Universidad, previo dictamen de la Comisión Ejecutiva Universitaria;
XI. Estudiar, discutir y, en su caso, aprobar el calendario al que se sujetarán las labores de la institución en lo relativo a exámenes de admisión, inscripciones, reinscripciones, inicio y fin de cursos, exámenes ordinarios, extraordinarios y a título de suficiencia, revalidaciones, vacaciones, días feriados y las otras que el Consejo considere pertinentes;
XII. Conocer, examinar y, en su caso, aprobar los informes mensuales que rinde el Rector sobre sus propias actividades y sobre ingresos y egresos, respectivamente;
XIII. Conocer y, en su caso, aprobar, el informe y el plan de trabajo anuales del Rector. Para ello, el punto deberá incluirse en el orden del día de la sesión ordinaria siguiente a la solemne en que el Rector haga entrega de dichos informes. Cuando se trate del inicio de una nueva administración, el Consejo Universitario conocerá y en su caso aprobará el plan de trabajo anual del Rector, en la segunda sesión ordinaria siguiente a la sesión solemne en que tome posesión de la Rectoría;
XIV. Conocer y, en su caso, aprobar, el informe del ejercicio presupuestal que presente el Rector, una vez que haya sido dictaminado por la Contraloría Universitaria;
XV. Designar anualmente, de entre tres propuestas, una firma de contadores públicos independientes, de reconocido prestigio, que efectúe una auditoría contable y financiera. El auditor externo presentará el dictamen del resultado de su trabajo al propio Consejo Universitario, el cual tomará las decisiones que juzgue adecuadas. El informe se hará del conocimiento público a través de los medios de comunicación. Para evitar conflicto de interés, el despacho designado no podrá estar, en caso alguno, vinculado de manera familiar, personal o profesional a los miembros de la Junta de Gobierno y del propio Consejo Universitario;
XVI. Nombrar, a propuesta del Rector y conociendo la opinión de la Comisión Ejecutiva Universitaria y del Consejo de Representantes que proceda, una instancia de prestigio, ajena a la Universidad, que haga una evaluación académica externa de un Departamento
o unidad, periódicamente y cuando se presente una situación particularmente grave; conocido el dictamen, el propio Consejo podrá tomar medidas de excepción, en el ámbito de sus atribuciones, para la corrección de las deficiencias detectadas, sin detrimento de los derechos de las personas involucradas;
XVII. Conferir, a propuesta del Rector, de los demás miembros del Consejo Universitario o de los consejos de representantes, nombramientos de maestros eméritos y honoris causa. En la misma forma, asignar nombres a edificios, instalaciones o espacios de la Universidad. Crear o suprimir cátedras especiales, de sus miembros o de los consejos de representantes;
XVIII. Aprobar o modificar las políticas en materia de salarios y prestaciones que percibirán el Rector y los funcionarios de primer y segundo nivel de la Universidad, a propuesta del Rector. Lo anterior atendiendo siempre a la moderación que corresponde a un servidor público. Las remuneraciones comprenderán el sueldo que corresponda al funcionario, según su nombramiento de base en la Institución, más la compensación que fije el Consejo. Para efectos de pensión o jubilación sólo se tomará en cuenta el sueldo base de estos funcionarios;
XIX. Derogada.
XX. Reglamentar la existencia y modo de operación de los mecanismos de control patrimonial a que se sujetarán quienes tengan facultades de manejo financiero en la institución, así como los que se utilizarán para enajenar bienes propiedad de la Universidad, regulando las acciones relativas a la planeación, programación y control de adquisiciones de bienes y servicios, de conformidad con lo previsto por la Ley Orgánica.
XXI. Hacer comparecer a cualquier funcionario de la Universidad para informar de sus actos.
XXII. Crear en su seno las comisiones que crea necesarias para la mejor realización de sus funciones.
XXIII. Resolver sobre conflictos y aplicación de sanciones a autoridades, personal académico, alumnos y trabajadores administrativos de la Universidad, con excepción de los que competan a la Junta de Gobierno o a la Comisión de Honor y Justicia.
XXIV. Las demás que la legislación universitaria le asigne y, en general, conocer y resolver cualquier asunto que no sea de la competencia de otra autoridad de la institución, en particular de los conflictos que se den entre el presente Estatuto, los reglamentos y la Ley Orgánica, atendiendo al principio de la jerarquía de leyes.

Sólo los candidatos a los cargos de Rector y Decano que hayan obtenido registro serán promovidos por una comisión nombrada por el Consejo Universitario de entre sus miembros para tal efecto, la cual desarrollará sus actividades conforme a lo dispuesto por este capítulo. La Asociación de Catedráticos e Investigadores y la Federación de Estudiantes se limitarán exclusivamente a promover el proceso de votaciones, exhortando a sus agremiados a expresar su voto en las fechas en que deberá realizarse el proceso, informando de las reglas y procedimientos de la votación, sin que puedan prestar ningún tipo de apoyo o promoción a los candidatos.

Son sujetos de responsabilidad administrativa:
I. El Rector;
II. El Secretario General;
III. Los directores generales y decanos;
IV. Los jefes de departamentos académicos;
V. Los demás funcionarios o personal universitario que recauden, manejen o apliquen recursos materiales y financieros de la Universidad, en los términos que precise el reglamento respectivo;
VI. Quienes intervengan en el proceso de asignación de calificaciones, elaboración de actas o cualquier parte del proceso de registro y acreditación escolar, en los términos que precise el reglamento respectivo; y
VII. Quienes intervengan en los proceso de evaluación y certificación académica de cualquier tipo, en los términos que precise el reglamento respectivo.

Tienen derecho a iniciar adiciones o reformas a este Estatuto y a los reglamentos que de él deriven, o presentar proyectos de los reglamentos previstos o que se prevean en este ordenamiento:
I. El Rector;
II. Los consejeros ante el Consejo Universitario;
III. Los consejos de representantes.